בגבעת גונן אנו שואפים להעניק לתלמידינו יכולת להתבונן לעומק על תהליכים שעוברים עליהם. לשם כך אנו  דוחפים אותם לקחת אחריות עם בחירותיהם  ולסגל לעצמם מבט ביקורתי וסקרנות לחקירת סביבתם ללא הרף. 
אין מדובר ברעיון הנשאר על הנייר בלבד, אלא בעקרון מנחה המלווה אותנו בבנית מערכת השעות, בפיתוח תכניות יחודיות ובפיתוח המקצועי של חברי הצוות.
 
את השאיפה הזו אנו מתרגמים למעשים אותם ניתן למצוא בתכניות יחודיות ומגוונות שבית הספר פותח בפני תלמידיו, ובהן:

​

• מסלול אגרו-אקולוגיה (בבנייה):
  צומחת מחטיבת הביניים לעידוד יזמות, מעורבות סביבתית ולמידה פעילה.

• בוחרים במצוינות בחטיבת הביניים:
  הרחבות ותיגבורים למצוינות בתחומי מדעים, מתמטיקה, אנגלית, תכנות, והומניסטיקה להובלת תלמידי בית הספר אל עבר בגרות איכותית.

• מרכז השפה האימונית:
  מרכז העצמה  לפיתוח יכולות הנעה עצמית  וקריאת סיטואציות חברתיות באופן המקדם פעולה ויצירה. מספק מענה רגשי לימודי וחברתי לכלל תלמידי בית הספר.

• מגמות הבגרות החוקרת בתיכון:

  • 5 יח"ל ביולוגיה
    ​התלמידים מתנסים בקריאת מאמרים מדעיים, ניתוח ותכנון של מחקר, מיומנויות במעבדה ועיבוד כמותי של נתונים, תוך שימוש בגיליון אלקטרוני.

  • 5 יח"ל גיאוגרפיה
    הלימודים במגמה חושפים את התלמידים לשונות האנושית, מטפחים את ההתמצאות במרחב ומקנים כלים להבנת ה"כפר הגלובלי", ולהתמודדות עם בעיות מגוונת של החיים בעולם המודרני.

  • 5 יח"ל כימיה