מגמת אגרו-אקולוגיה הנה מגמה חדשה בביה"ס אשר נועדה ללמד מדעים ע"י "ללכלך את האצבעות" ובמקביל לטפח בתלמיד/ה כישורי עבודה מעשית, יכולת טכנית ואהבה לאדמה ולסביבה. זאת באמצעות עשיה חקלאית-סביבתית פעילה. המגמה כוללת חממת גידול, מערכות הידרופוניות בתוך ומחוץ ביה"ס, גני ירק, מתחם קומפוסט וחוות תולעי קומפוסט, וגידול מגוון צמחי מזון, תבלין ותועלת. התלמידים זורעים, שותלים, ומנהלים כל היבט של העשייה במודל עסקי אשר נועד גם ללמד  אותם לנהל כסף. 

​

הפעילות במגמה הנה שעה בשבוע לכל כיתות חט"ב וכמו כן במסגרת פעילות הבחירה. מלבד הרחבת האוריינות החקלאית-סביבתית-מדעית, המגמה שואפת להפוך את התלמיד/ה למדריך אשר ידע להנחות נושאים אלו לשכבות הצעירות יותר ולקהילה, וכך לייצר אדם צעיר המסוגל להופיע היטב בפני קהל. 
​

הפעילות בשיתוף פעולה עם מחלקת הקיימות של מנח"י, מגמת אגרו-אקולוגיה עירונית של כפר הנוער דוד רזיאל, החוג לקיימות במכללת דוד ילין, מרכז השל ובתמיכת חברת Living Green.